Hallo Mark,
den Zug von Berlin nach Lindau kannst du schon ab ca. 69 € haben (2.ter Klasse) und bist ca. 9 - 14 Stunden unterwegs, kommt drauf an wie oft du umsteigen musst. Informiere dich doch auf der Homepage der DB Bahn.
Per Bus gibt es die Möglichkeit, ab Busbahnhof am Funkturm in Berlin nach Lindau zu fahren, ist billiger, um die 65 €, die Fahrt dauert mind. 11 Stunden. Allerdings fährt der Bus nicht jeden Tag, und die Plätze sind sehr, sehr schnell ausgebucht, schau unter www.busticket.de/bus/berlin/lindau.
Die umweltunfreundlichste Methode ist natürlich mit dem Auto zu fahren, Benzinkosten hast du auch um die 65 € bei 900 km, brauchst auch deine 9 Stunden oder mehr, und musst voll konzentriert sein. Wenn du eine Mitfahrgelegenheit findest, wäre das natürlich eine optimale Lösung. Dann ist es am billigsten, komfortabel und etwas umweltfreundlicher. Schneller wird es dadurch auch nicht.
Am schnellsten, aber verdammt teuer wird es beim Fliegen. Bei einem Direktflug von 1.40 h zahlst du schlappe 199 €, billiger wird es allerdings auch nicht, wenn du z.B. über Köln/Bonn fliegst, nur länger (3.15 h). Der Flughafen am Bodensee befindet sich übrigens in Friedrichshafen.
Ich würde mich für den Bus entscheiden, da günstig und direkt (ohne Umsteigen). Und gemütlich ist es sicher auch.