Schwer zu sagen wenn man nur 1 dieser Regionen kennt... ich war schon oft in Südostasien und es hat mir immer gut gefallen, also kann ich es auf alle Fälle guten Gewissens empfehlen.
Es würde mich mal interessieren wieviele der Leute die hier schon geantwortet haben beide(!) Regionen aus eigener Erfahrung kennen, dort schon länger oder öfters waren. Ich glaube nicht viele...
Andererseits hat Südamerika mit Sicherheit auch seine Reize. Und wie schon beschrieben sind in Südostasien bestimmt mehr Touristen unterwegs, wenn auch natürlich örtlich sehr verschieden. Man findet überall Orte wo wenig Touris sind. Wobei eine gute touristische Infrastruktur durchaus auch ihre Vorteile hat, das sollte man bei dieser Betrachtung auch nicht ganz außer Acht lassen.
Wenn Dich zu viel Touristen stören, Du lieber alleine oder in Gegenden die noch nicht so touristisch überlaufen sind unterwegs bist, dann ist Südamerika vielleicht die bessere Wahl.
Es kommt auch immer auf persönliche Vorlieben an. Interessiert Dich eher Kultur, Natur, Städte, Leute oder mehr Wildlife? Willst Du Tauchen? Willst Du es sicher warm, oder auch gerne mal kühl oder sogar kalt? Magst Du Berge besteigen, im Dschungel trecken? Stört Dich tropische Hitze und Luftfeuchtigkeit?
Und wie schon angesprochen spielt natürlich auch der Geldbeutel eine Rolle. Indonesien z.B. ist schon fast unglaublich billig, dass Südamerika da mithalten kann glaube ich nicht. Also wenn Dein Budget eher knapp ist würde ich eher Südostasien empfehlen, ansonsten eben abhängig von Deinen Interessen und Vorlieben.
Auf alle Fälle viel Spaß, selbst wenn es "nur" 6 Monate sind bist Du echt zu beneiden!