Wenn sich das wegen dem Preis lohnt, würde ich das auch so machen ;) Ist ja egal, ob man in Jo'burg oder Kapstadt am Schalter wartet. Ich würde auch in etwa 2 Stunden einplanen, wenn dein gepäck automatisch weitergeleitet wird. Wenn du dein Gepäck selber holen und wieder abgeben musst, würd ich noch ne Stunde, also dann 3, dazurechnen.
Kleiner Tipp beim Umsteigen in Jo'burg: Du wirst direkt hinterm Einreiseschalter schon abgefangen von Leuten, die dir helfen wollen. Tun sie zwar auch, aber sie verlangen dafür ungemein viel "Trinkgeld". und du brauchst diese hilfe eigntl auch nicht, weil am Flughafen alles sehr gut ausgeschildert ist.